Coronavirus. Tout ce que vous devez savoir en 10 questions et réponses

C’est l’une des hypothèses testées par les scientifiques, et c’est la plus accréditée au vu des études sur les infections “connexes” de COVID-19 : le SRAS et le MERS. Les analyses phylogénomiques du virus SRAS-Cov montrent avec une bonne probabilité que ce bêtacoronavirus a pu se développer initialement chez les chauves-souris et infecter l’homme directement ou par le biais d’espèces animales sauvages présentes sur les marchés chinois en 2002. Le bêtacoronavirus MERS-CoV a pour “réservoir naturel” des chauves-souris qui infectent les dattes et les chameaux avec leurs excréments. L’hypothèse dominante est que le virus est passé de ces chauves-souris au patient 0 (ou aux patients 0) en Arabie Saoudite en 2012.

Nous en arrivons maintenant à sa dangerosité. En suivant les nouvelles des journaux et de la télévision, il semble comprendre que beaucoup (les pessimistes) ont recours aux données sur le nombre de décès parmi les personnes infectées ; d’autres (les optimistes) au nombre de guérisons des malades testés positifs pour la présence du coronavirus. Est-il correct de tirer des conclusions de ces chiffres ?

Lorsqu’on parle de la “dangerosité” (qui fait référence à la gravité du syndrome causé par l’infection virale, mais qui peut aussi inclure d’autres causes présentes chez le patient), l’œil tombe immédiatement sur les données de mortalité qui, cependant, ne sont qu’une des issues possibles (l’inauspicieuse) de l’infection par le CoV-2 du SRAS. La durée de la manifestation de la maladie, l’intensité des symptômes, la propension à développer d’autres tableaux cliniques, la gravité des complications possibles et la thérapie nécessaire pour les résoudre, l’affaiblissement du patient et les jours de travail et d’études perdus, l’engagement de soins (à domicile ou à l’hôpital) requis et son coût, et bien plus encore, doivent également être dûment pris en compte.

Toutefois, en ce qui concerne la mortalité COVID-19, les études disponibles font état de données allant de moins de 1 % à plus de 10 %, selon l’échantillon étudié et le pays étudié. En Chine, il est estimé à 2,5-4%, tandis que dans les autres pays, il tombe à 0,4-0,7%. Une récente étude chinoise portant sur plus de 72 000 patients montre que le taux de mortalité est pratiquement nul chez les enfants de moins de 10 ans, mais atteint environ 15 % chez les plus de 80 ans.

À titre de comparaison, l’épidémie de grippe saisonnière en Europe a un taux de mortalité de 0,1 à 0,2 %. Toutefois, il faut garder à l’esprit qu’une partie de la population plus sensible aux complications graves de cette infection est défendue par une prophylaxie vaccinale annuelle et que l’échantillon étudié est beaucoup plus important.

En épidémiologie, ce n’est pas seulement le taux de mortalité ou les complications qui aggravent une infection virale qui est pertinent, mais aussi le pouvoir de contagion, souvent appelé “taux de reproduction” d’une infection (Basic Reproductive Ratio ; abrégé en R0). Le concept a été appliqué pour la première fois en épidémiologie par le Dr George McDonald en 1952, qui a construit un modèle statistique de population pour la propagation du paludisme. R0 indique le nombre de nouveaux cas de maladie générés en moyenne dans une population donnée par un patient individuel au cours de sa période infectieuse, c’est-à-dire le nombre de nouvelles infections que l’on peut s’attendre à développer pour chaque personne ayant contracté la même infection. Selon les modèles épidémiologiques SIR (qui divise les individus en sensibles, infectieux et rétablis) et SIRS (qui ajoute également les individus rétablis qui ne sont pas immunisés en permanence et qui redeviennent sensibles), R0 est calculé à l’aide d’une équation différentielle. Par exemple, si R0 vaut trois, cela signifie qu’en moyenne, chaque personne infectée en infecte trois autres. Pour donner quelques exemples, la grippe saisonnière a un R0 = 1,2-1,4, la rougeole 10-15 et les oreillons 8-10. Ce nombre dépend non seulement de la virulence de l’agent pathogène, mais aussi de la capacité des individus d’une population à résister au virus (par exemple, par une immunité naturelle ou induite par la vaccination), de la densité de population urbaine ou rurale et des mesures prophylactiques mises en place (confinement des foyers par la quarantaine, interdiction des rassemblements, cordonnage territorial, désinfection, etc.) Plus la valeur R0 est élevée, plus il est difficile de contrôler la propagation d’une épidémie.

Vous distinguez la gravité et la contagiosité de la COVID-19. Pouvez-vous donner quelques données sur ce dernier point, notamment en ce qui concerne la possibilité que l’épidémie s’arrête bientôt ?

Sur le plan social, la gravité d’une maladie entraîne une charge de soins plus élevée (installations d’hospitalisation et de traitement, personnel médical et infirmier spécialisé, thérapies, réadaptation et jours d’arrêt de travail ou d’études), qui se multiplie si sa contagiosité dans une population donnée et les mesures prophylactiques prises restent élevées. Une estimation approximative et provisoire de R0 pour le SRAS-CoV-2 se situe entre 2 et 3, soit un peu plus que pour la grippe. Si le R0 de COVID-19 ne tombe pas en dessous de ces niveaux au cours de ces semaines, l’infection peut se propager davantage dans les populations touchées.

L’objectif de santé publique est de ramener le R0 en dessous de 1, c’est-à-dire que chaque personne infectée infecte en moyenne moins qu’une autre. Ainsi, les foyers infectieux seront éteints en peu de temps car le nombre de personnes guéries dépassera progressivement le nombre de personnes malades. Cela est possible grâce à l’application stricte des mesures prophylactiques et hygiéniques recommandées par l’Istituto Superiore di Sanità aux autorités publiques et privées et aux citoyens individuels : de l’évitement des lieux bondés et mal ventilés au nettoyage fréquent et prolongé des mains et à l’évitement du contact avec les muqueuses nasales et oculaires, de l’isolement à domicile ou à l’hôpital (selon la gravité des symptômes) des patients diagnostiqués avec COVID-19 au contrôle des mouvements des personnes vers et depuis les “zones rouges” de l’infection.

On parle constamment de “prélèvements” pour le diagnostic de la COVID-19. En quoi consiste exactement ce test ?

Il existe plusieurs tests de diagnostic et de surveillance épidémiologique pour les infections à coronavirus et aussi pour le SRAS-CoV-2. En principe, on peut les diviser en deux types : les tests de laboratoire qui détectent la présence de virions dans des échantillons liquides ou de tissus biologiques du sujet (les plus rapides et les plus réalisables à grande échelle sont les tests moléculaires, basés sur l’analyse du génome viral), qui, bien sûr, ne détectent que l’infection en cours, qu’elle soit asymptomatique ou symptomatique ; et des tests de laboratoire pour la détection des anticorps antiviraux que le patient a développés au cours de l’infection et qui subsistent pendant un certain temps même après la guérison (il est ainsi possible de savoir si un sujet a été exposé au virus même s’il n’a pas développé de symptômes de la maladie ou s’il s’est remis sans avoir été diagnostiqué comme étant affecté par l’infection).

Le test moléculaire (“test rapide”) de l’écouvillon pharyngé consiste à prélever du matériel biologique dans la cavité buccale en frottant et/ou en faisant tourner un coton-tige stérile sur le rétropharynx et les amygdales palatines, à isoler le matériel génétique (acides nucléiques) et à rechercher les séquences de bases nucléotidiques qui sont typiques du génome du virus recherché, en l’occurrence le SRAS-CoV-2. Ces recherches sont menées à l’aide d’une technologie de génétique moléculaire qui fait appel à l’amplification spécifique de petites régions de séquences d’acides nucléiques, dans le cas spécifique de l’ARN de bêtacoronavirus par réaction de transcription inverse en chaîne polymère (PCR), suivie du séquençage direct des fragments génomiques amplifiés, c’est-à-dire la “lecture” complète de l’ordre des bases nucléotidiques. Cette technique est similaire à celle utilisée pour les tests génomiques dans le diagnostic des maladies génétiques.

Les chercheurs chinois ont été les premiers à développer le test de tampon moléculaire pour le SARS-CoV-2 (le protocole chinois cible des séquences génomiques spécifiques de l’ORF1ab et de l’N), suivis par d’autres chercheurs allemands (séquences RdRP, E et N), des États-Unis (trois séquences du gène N), du Japon (séquences de Pancorona, de la protéine Spike et autres) et de Hong Kong (séquences de ORF1b-nsp14 et N), pour ne citer que quelques-unes de celles recommandées par l’Organisation mondiale de la santé.

Ces derniers jours, une discussion s’est engagée sur la fiabilité des tests par écouvillonnage effectués par les Régions impliquées dans l’épidémie et sur la nécessité ou non d’une confirmation par l’Institut supérieur de la santé…

Comme le résultat de chaque test génomique individuel pour des virus spécifiques, celui pour le SRAS-CoV-2 peut ne pas avoir – considéré seul – une valeur directe de certitude diagnostique-moléculaire en ce qui concerne la détection d’un agent pathogène viral particulier. Les raisons de l’incertitude peuvent être intrinsèques à la méthodologie utilisée et à l’analyse manuelle et bioinformatique des résultats bruts obtenus par séquençage, mais aussi extrinsèques au protocole adopté, résultant d’erreurs de l’opérateur dans la collecte de l’échantillon, dans son stockage lors du transfert du point de prélèvement au laboratoire, dans l’isolement et le traitement des acides nucléiques, dans le séquençage et dans l’analyse des données génomiques. Les erreurs peuvent aller de la pollution de l’échantillon par d’autres matériaux d’origine biologique à l’utilisation de réactifs et de matériel de laboratoire qui ne sont pas dans des conditions optimales, en passant par des erreurs instrumentales et manuelles.

C’est pourquoi le résultat d’un tel test, qui est assez complexe et, à certains égards, automatisé et, à d’autres, manuel, doit être confirmé par un test similaire effectué dans un autre laboratoire spécialisé sur le même échantillon biologique et/ou sur un échantillon prélevé ultérieurement par le même patient. Tout cela n’est pas dû à la méfiance envers les opérateurs de soins de santé et de laboratoire d’un centre régional, mais à la bonne pratique clinique et biotechnologique. C’est pourquoi les controverses entre l’Istituto Superiore di Sanità et les autorités sanitaires régionales semblent déplacées et parfois prétextes.

Toute divergence entre les résultats de l’écouvillonnage effectué sur place et ceux centralisés à Rome ne résulte pas nécessairement d’erreurs instrumentales ou d’opérateurs et ne doit pas entraîner de reproche au personnel de santé et de laboratoire régional : elle peut simplement refléter une différence dans les protocoles adoptés et/ou le moment du prélèvement de l’échantillon biologique par rapport à l’évolution de l’infection. Le même patient peut être testé positif ou négatif pour l’agent viral à certains stades de l’infection. Dans ce cas, la détection d’anticorps antiviraux dans le sérum peut être utile.