Coronavirus. Tout ce que vous devez savoir en 10 questions et réponses

TEMPI – Rachel Schirle

Les questions les plus pressantes sur le coronavirus et les réponses de Don Roberto Colombo, généticien clinique et spécialiste en diagnostic moléculaire des maladies rares

Nous avons demandé à Don Roberto Colombo, généticien clinique et spécialiste du diagnostic moléculaire des maladies rares, professeur à la faculté de médecine et de chirurgie de l’université catholique du Sacré-Cœur de Rome, de répondre aux questions qui circulent avec plus d’insistance ces jours-ci sur l’infection par les coronavirus.

Commençons par le virus. Il a été répété qu’il s’agit d’un “nouveau virus” dont nous savons encore très peu de choses. Cet ennemi de notre santé est-il vraiment si mystérieux ?

Les virus (du latin vīrus, “poison” ; qui vient de la racine indo-européenne vis-, “être agressif”) sont des particules subcellulaires quasi-biologiques (appelées virions, dépourvues des principales caractéristiques d’un organisme vivant), d’une taille (diamètre : 20-300 nanomètres) beaucoup plus petite même que les bactéries, et donc “visibles” uniquement au microscope électronique. Ne possédant pas de “machine moléculaire et cellulaire” capable d’organiser leur propre métabolisme et de permettre leur autoreproduction, ils se multiplient exclusivement en infectant des “cellules hôtes”, celles de notre corps, ou celles des animaux, des plantes et des bactéries, dont ils sont des “parasites obligatoires”. Pour faire simple, un virus est le résultat de l’assemblage de seulement deux composants biochimiques : un acide nucléique (ARN ou ADN) et une enveloppe protéique (capside). L’origine évolutive des virus sur terre fait l’objet d’un débat animé et il n’existe actuellement aucune hypothèse consensuelle. Ce qui est certain, c’est que les virus changent leurs caractéristiques (“micro-évolution”) plus rapidement que tout organisme vivant et, pour cette raison, de nouveaux virus apparaissent constamment.

On a tenté de décrire la diversité des virus en les nommant et en les regroupant sur la base de similitudes génomiques, structurelles et fonctionnelles. Le nouveau virus d’origine géographique chinoise, appelé SRAS-CoV-2 par l’Organisation mondiale de la santé, n’a jamais été identifié avant d’être signalé comme la cause du syndrome respiratoire à Wuhan, en Chine, en décembre 2019. Le syndrome a été appelé COVID-19 : “CO” signifie couronne, “VI” pour virus, “D” pour maladie et “19” est l’année d’identification.

Le SRAS-CoV-2 appartient au deuxième (“bêta”) des 4 sous-groupes de la sous-famille des Coronavirinae dans la famille des Coronaviridae. Il a été démontré jusqu’à présent que cinq coronavirus bêta infectent les humains, dont le SRAS-CoV-2 fait partie. Deux (HCoV-OC43 et HCoV-HKU1) sont à l’origine de rhumes, de sinusites et d’infections des voies respiratoires inférieures. Deux autres (SRAS-CoV et MERS-CoV), auxquels s’ajoute désormais le SRAS-CoV-2, peuvent provoquer des syndromes respiratoires aigus graves, tels que le SRAS (découvert en novembre 2002 dans la province chinoise de Guangdong, a infecté plus de 8 000 personnes dans une trentaine de pays) et le MERS (signalé pour la première fois en septembre 2012 à Djeddah, en Arabie saoudite, a jusqu’à présent infecté environ 2 500 personnes dans plusieurs pays). En général, on estime qu’environ 2% de la population est un porteur sain d’un coronavirus et qu’un coronavirus a été isolé dans 5 à 10% des infections respiratoires aiguës.

Le SRAS-CoV-2 est un “jeune” virus. Ayant été identifié il y a seulement trois mois, nous savons relativement peu de choses sur le SRAS-CoV-2 d’un point de vue biologique, clinique et épidémiologique. Certaines séquences de référence (RefSeq NC_045512 : longueur égale à 29903 paires de bases ss-ARN) de l’ensemble du génome du SRAS-CoV-2 sont déjà à la disposition de tous les chercheurs du monde entier et déposées dans la base de données NCBI (USA). Il existe déjà quelques données préliminaires sur la structure protéique de la capside du CoV-2 du SRAS, qui sont importantes pour la préparation d’un vaccin. Nous commençons à connaître certaines caractéristiques moléculaires du virus, et en particulier celles concernant la protéine Spike qui permet au virus d’attaquer et d’infecter les cellules humaines. La région E de son génome, qui code pour une protéine hautement préservée dans les différentes espèces de virus, est également très intéressante : entre le SRAS et le SRAS-CoV-2, il n’y a de différence que d’un seul acide aminé dans cette protéine et cela pourrait être un élément important pour le développement de vaccins dans un avenir proche.

Les connaissances scientifiques et médicales s’accroissent rapidement, car des souches natives sont identifiées chez les patients lors d’épidémies (comme cela s’est produit ces derniers jours dans les laboratoires de l’hôpital Sacco de Milan, à partir d’échantillons isolés sur quatre patients à Codogno), des données cliniques anamnestiques, diagnostiques et pronostiques sont collectées et les tendances épidémiologiques sont étudiées dans des centres de diffusion en Chine et en dehors de celle-ci.

Il semble donc que le nouveau coronavirus ressemble biologiquement, d’une part, au redoutable mais rare virus du SRAS et, d’autre part, à ceux, plus courants, qui provoquent des maladies bénignes du refroidissement.

Le nouveau bêtacoronavirus SRAS-CoV-2 est étroitement lié génétiquement au “frère” du SRAS-CoV qui a causé le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en 2002-2003. Mais si nous examinons les données cliniques et épidémiologiques disponibles jusqu’à présent, le tableau clinique qui se manifeste chez les patients positifs pour la présence du CoV-2 du SRAS montre une variabilité intersubjective considérable.

Dans un certain nombre de cas positifs pour le virus (qu’il est impossible d’estimer avec suffisamment de certitude jusqu’à présent : les données en notre possession concernent presque exclusivement les patients hospitalisés en Chine, en Italie et dans d’autres pays, qui sont ceux dont le tableau clinique est établi et plus sévère), l’infection peut être asymptomatique. Dans d’autres cas – qui semblent être la majorité de certains échantillons statistiques disponibles (encore limités : les chiffres de certaines enquêtes épidémiologiques initiales parlent de 80 à 85 % des cas) – la symptomatologie est légère ou modérée, comparable à celle des infections bénignes des voies respiratoires supérieures ou de la grippe saisonnière à partir de souches virales circulant déjà ces dernières années (en Europe, en 2019-2020, le type A, comme H1N1pdm09 et H3N2, qui représente environ 60 % des cas, avec la présence minoritaire du type B, comme Victoria).

Dans un nombre plus limité de cas (environ 15 à 20 %, selon certaines enquêtes en cours), une atteinte pulmonaire grave accompagnée de fièvre prévaut et une hospitalisation dans un service de soins aux malades infectieux est nécessaire. Parmi ces derniers, seule une minorité (5% ou moins) nécessite une hospitalisation en soins intensifs pour cause de détresse respiratoire. Il s’agit presque toujours de sujets présentant des pathologies antérieures graves, souvent de nature respiratoire, de personnes âgées affaiblies, de patients présentant des immunodéficiences primaires ou secondaires dues à des tumeurs (en particulier celles affectant le système hématopoïétique et lymphoréticulaire), à la chimiothérapie ou à un traitement immunosuppresseur. D’après les données (limitées) disponibles jusqu’à présent, la gravité de l’infection augmente avec l’âge du sujet, épargnant principalement les enfants (mais il existe quelques cas pédiatriques en Chine et en Italie), les jeunes et les adultes en bonne santé, tandis qu’elle touche les personnes âgées et les sujets atteints d’autres maladies importantes non résolues ou partiellement résolues.

Est-il probable que le virus soit originaire des animaux sauvages chinois ou qu’il ait été transmis aux humains ?